Hace poco actualice mi ubuntu 7.10 a 8.04, junto con todos los programas, y hoy me puse a programar un poco en java, y me apareció lo típico cuando se tiene corriendo el compiz, que la aplicación se pone gris y se bloquea, me acorde que hay que cambiar Motiftoolkit en lugar del Xtoolkit, esto se hace de la siguiente manera:

sudo nano /etc/environment

Y al final del archivo se agrega la siguiente linea:

AWT_TOOLKIT="MToolkit"

Ahora solo hay que reiniciar y listo, esto siempre me ha funcionado para todas las aplicaciones en java, lo probé y sorpresa no funciono, así que inicie netbeans y este si funcionaba correctamente, luego ejecute la misma aplicación que había programado, solo que ahora desde una terminal y también funcionaba, así que el problema era de eclipse, luego de trastear un poco me di cuenta que eclipse estaba funcionando con una versión algo antigua la jre5, y lo único que hay que hacer es configurar a la ultima versión que es la 6, para los que son nuevos en eclipse les dejo la secuencia de como se configura el jre en eclipse con capturas de pantalla:

Nos dirigimos al menu y hacemos click en window

Luego click en el menú desplegable click en preferencias

Ahora en el menu del lado derecho desplegamos java y luego click sobre Installed jre, después hacemos click en Add

En el formulario, en la primera casilla escribimos Standar VM, luego en JRE Name escribimos el nombre del jre, en este caso JRE 6, ahora la casilla mas importante es la de JRE home directory, allí tenemos que indicar en que directorio esta instalado el JRE, en mi caso es el directorio /opt/java/jdk1.6.0_03/jre la ultima casilla podemos dejarla en blanco.

Por ultimo solo es de marcar como default la versión de java que acabamos de agregar (JRE 6), presionamos ok y listo.